법원 “종부세 이중과세” 불복청구자만 환급 가능

판결 확정돼도 2009·2010년분 청구기간 끝나

2009년 이후 징수한 종합부동산세(종부세) 세액 산정방식이 잘못됐다는 법원 판결이 나옴에 따라, 납세자들에게 미칠 파장에 관심이 쏠리고 있다. 그러나 이번 판결이 최종 확정되더라도 불복소송을 내지 않았다면 환급받을 길이 없다.

서울행정법원 행정14부(진창수 부장판사)는 한국전력공사와 국민은행 등 기업 25곳이 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종부세 부과처분 취소 청구소송에서 원고 승소 판결을 내렸다고 21일 밝혔다. 종부세법 시행규칙상 계산방식에 따르면 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과하게 되는데, 이는 ‘이중과세’에 해당해 위법하다는 것이 골자다.

국세청과 법원 판단이 엇갈리는 부분은 종부세 결정 때 공제해줄 재산세액을 어떻게 계산할지 여부다. 예를 들어 공시가격 10억원인 주택을 보유한 납세자의 경우, 과세기준(6억원)을 초과한 금액은 4억원이다. 여기에 공정시장가액비율(과표를 정할 때 적용하는 공시가격의 비율) 80%를 적용한 3억2000만원이 과표가 되고, 세율 0.5%를 매긴 종부세액은 160만원이 된다.

쟁점은 국세청이 160만원에서 공제할 재산세액을 과표(3억2000만원)를 기준으로 재산세 공정시장가액비율(60%)과 재산세율(0.4%)을 적용해 76만8000원으로 계산했지만, 법원은 애초 과세기준 초과액 4억원을 기준으로 적용한 96만원이 맞다고 보는 데서 불거졌다. 이런 차이에 따라 실제 종부세 산출세액도 각각 83만2000원과 64만원으로 달라진다.

국세청의 계산식은 종부세 부담을 완화하기 위해 과표를 종전보다 낮추면서 공제할 재산세액마저 늘리면 과세 사각지대가 발생할 수 있다는 점을 고려해 2009년부터 적용된 방식이다. 2009년 종부세 납세자는 21만2000명이며, 이들이 납부한 세액은 9677억원이다. 이 가운데 법인 납부세액이 6492억원(9989명)으로 압도적이다. 2010년의 경우엔 25만명에 대해 1조2213억원이 부과됐다.

하지만 법원 판결이 확정되더라도 이미 고지된 종부세에 대한 불복소송을 내지 않은 납세자는 2009년과 2010년분 종부세에 대해 환급을 요구할 수 없다. 이종호 국세청 재산세국장은 “위헌소송과 달라 납세자들이 환급을 받으려면 개별적으로 불복소송을 내야 하는데 지난해 말에 고지된 2010년분은 이미 청구기간이 지났다”고 말했다. 다만 오는 11월에 부과될 올해 납부분은 고지서를 받은 날로부터 90일 이내에 불복청구 절차를 거쳐 행정소송을 제기할 수 있다.

이미 소송을 낸 25개 기업은 대법 판결이 확정될 경우에 모두 180억원의 세금을 돌려받게 된다. 국세청은 이들 기업 외에 유사 소송이 진행중인 곳은 없는 것으로 파악하고 있다. 황보연 기자 [e-mail]